자기주식 취득으로 지분율이 50%를 초과한 경우 납세의무

2024. 5. 27. 12:18비지니스, 법인컨설팅,세금컨설팅

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안녕하세요~

() 비즈파트너즈입니다.

 

법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되는 때에는 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 취득세가 과세된다는 사실을 이해하고 있어야 합니다.

 

특히, 과점주주가 아닌 상태에서 주식의 추가 취득으로 과점주주가 되는 때에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과함에 유의하여야 합니다. 실무적으로 이 사실을 인지하지 못해 취득세를 무신고하여 과세관청으로부터 부과처분을 받고 가산세 등 불이익을 당하는 경우가 종종 있습니다.

 

또한, 과점주주가 되는 경우 생기는 불이익을 피하기 위하여 주식을 명의신탁하는 경우가 있는데, 이는 나중에(회사의 규모가 커지고 그 가치가 증가하는 경우) 주식을 어렵게 환원해야 하는 더 큰 문제가 생길 수 있으므로 절대로 명의신탁을해서는 안됩니다.

 

그럼 과점주주에 대한 세금 문제에 대해서 자세하게 설명드리겠습니다.

 

● 과점주주의 범위

 

'과점주주'란 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자(해당 주주 또는 유한책임사원과 특수관계에 있는 자)로서 그들의 소유 주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말합니다. (지방세기본법462, 지방세법시행령111)

 

과점주주 = 발행주식총수의 50%를 초과하면서 실질적으로 권리를 행사하는 자들

 

 

과점주주에게 취득세 납세의무를 부여하는 것은 주식 취득 등을 통해 주주총회에서 의결권을 행사하여 회사경영을 지배할 수 있고 이는 당해 법인의 부동산등을 취득한 것과 동일한 경제적 효과가 있는 것으로 보기 때문으로서, 과점주주에 해당하는지의 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식 또는 지분의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 일단의 과점주주 집단 전체가 소유한 총주식 또는 지분 비율의 증가를 기준으로 판단하여야 합니다. (대법원 200710297, 2007.8.23.)

 

과점주주가 되었을 경우, 과점주주 집단을 구성하는 친족과 특수관계인들은 실질적으로 당해 법인의 자산에 관하여 공유자 또는 공동사업자의 지위에서 관리처분권을 행사할 수 있게 되는바 그 자산에 대한 권리의무도 과점주주 집단에게 실질적, 경제적으로 공동으로 귀속된다고 보는 것이 타당하다고 할 것입니다. (헌재 2008헌바139, 2009.12.29.)

 

 

● 과점주주의 취득세 납세의무

 

법인의 과점주주(지방세기본법462호에 따른 과점주주를 말함)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는데, 과점주주가 되는 시점의 유형에 따라 취득세 납세의무의 범위를 살펴보면 다음과 같습니다. (지방세법시행령111)

 

 유가증권시장에 상장한 법인  '①' 이외의 법인
과점주주의 취득세 납세의무 없음 과점주주의 취득세 납세의무 있음

 

 

상장법인은 비상장법인에 비해 엄격한 주식 분산요건을 규정하여 특정인의 주식 독과점을 제도적으로 제한하고 있어 과점주주에 의한 법인 자산에 대한 사실적 지배력에 차이가 있으며, 기업경영이나 재무 상태에 영향을 미치는 주요경영사항이나 최대주주 등과의 거래관계 등을 공시토록 하여 기업 경영의 투명성을 유지하고, 일정 수 이상의 사외이사를 선임토록 하는 등, 특정 과정주주에 의한 기업경영의 부실화를 막는 제도적 장치를 마련하고 있어 과점주주에 의한 기업재산의 자유처분이 비상장법인의 과점주주에 비해 엄격히 제한되므로 상장법인의 과점주주와 비상장법인의 과점주주 사이의 차별에는 합리적인 이유가 있습니다. (현재 2005헌바45, 2006.6.29.)

 

Q. 과점주주의 간주취득세 부과가 위헌인지?

 

A. 아닙니다.

비상장법인의 과점주주가 된 경우 해당 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 해당 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세를 과세하는 것으로서, 취득세가 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세라는 점 등에 비추어 입법목적의 정당성 및 방법의 적절성이 인정되는 이상 과잉금지원칙에 위배 되어 과점주주의 재산권을 침해하지 않습니다. (헌재 2017헌바402, 2018.12.27.; 헌재 2015헌바282, 2016.6.30.)

 

Q. 과점주주의 취득세 납세의무 범위는?

 

과점주주 취득세 감면 규정에서 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 176 조의91항에 따른 유가증권시장을 삭제[지방세특례제한법시행령 개정(대통령령 제26837, 2015.12.31.)]한 취지는, 이미 취득세 비과세 대상에 해당되어 중복 규정된 감면규정을 삭제하기 위한 것이었던 점 등을 종합해 볼 때, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령176조의9 1항에 따른 유가증권시장에 상장한 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우라면, 해당 과점주주는 간주취득세 납세 의무가 없다고 할 것입니다. (지방세운영과 568, 2016.3.3.)

 

Q. 과점주주간에 지분을 양도하는 경우에도 취득세를 내야 하는지?

 

A. 아닙니다.

'과점주주'란 주주 또는 유한책임사원 1명과 그와 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자 총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말합니다. 따라서 과점주주 간에 주식이나 출자지분을 양도나 증여를 통해 이전하는 것은 총 지분이나 소유비율이 증가한 것이 아니므로 간주취득세 납세의무가 없습니다. (지방 세운영과 267, 2008.7.18.)

 

 

Q. 특수관계인으로부터 주식을 증여받은 경우도 납세의무가 있는지?

 

A. 아닙니다.

법인의 주주로부터 지방세법상 특수관계자가 주식거래 또는 증여를 통하여 주식을 취득하였을 경우 과점주주의 주식비율에 변동이 없다면 과점주주간의 내부거래에 해당되어 취득세 납세의무가 성립되지 아니합니다. (세정-3338, 2007.8.21.)

 

Q. 과점주주 지위가 먼저 성립되고 이후 부동산을 취득한 경우 납세의무는?

 

A. 아닙니다.

과점주주 지위가 먼저 성립되고 이후 주식발행법인의 부동산 취득이 이루어진 경우라면 해당 부동산에 대한 간주 취득세 납세의무는 없다고 사료됩니다. (부동산세제과 2064, 2021.7.29.)

 

Q. 부동산을 취득한 이후 지분이 증가한 경우 납세의무는?

 

A. 있습니다.

과점주주 성립 당시 소유자산이 없었다가 추후에 취득한 부동산에 대해서는 취득세 납세의무가 없으며, 부동산을 취득한 이후 과점주주 지분이 증가하게 되면 증가된 지분에 대해서 취득세 납세의무가 있습니다. (서울세무-27842 2017.11.29.)

 

Q. 합병으로 주식을 취득하는 경우 납세의무는?

 

A. 없습니다.

합병으로 인한 주식취득시 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 것이 아니므로 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는 것으로 판단됩니다. (부동산세제과-3438. 2020.12.9.)

 

Q. 분할로 주식을 취득하는 경우 납세의무는?

 

A. 있습니다.

분할로 신설되는 법인이 분할되기 전의 법인이 소유하던 비상장주식을 취득해 과점 주주가 된 경우 과점주주의 취득세 납세의무가 있습니다. (세정 13407-342, 2002.4.10)

 

Q. 감자로 지분율이 증가한 경우 납세의무는?

 

A. 없습니다.

특정주주의 주식을 감자함에 따라 해당 주식의 취득없이 과점주주의 지분이 증가된 경우에는 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 없고, 타인의 감자에 따라 과점주주의 지분이 증가된 이후 증자로 인해 주식은 취득하였으나 지분비율의 증가가 없다면 취득세 납세의무가 없으며, 과점주주가 아닌 주주가 주식 취득 없이 타인의 감자에 따라 지분율이 상승하여 과점주주가 되는 경우에도 취득세 납세의무가 없습니다. (세제-8259, 2015.6.4. )

 

Q. 명의신탁 해지로 과점주주가 되는 경우 납세의무는?

 

명의신탁해지로 인하여 주식 명의를 회복하는 것은 주식의 취득에 해당되지 않으므로 그에 따라 과점주주가 되는 경우는 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립되었다고 볼 수 없습니다. (지방세운영과 3127, 2010.7.22.)

 

<위 행정해석과 반대되는 심판례>

주식등 변동 상황 명세서에 의하여 법인의 과점주주가 된 사실이 나타나는 반면, 주식을 명의신탁 하였다가 환원한 것이라는 주장이 이와 관련하여 증여세가 부과되었다는 등의 사실만으로는 명확히 입증된다고 보기 어렵고, 달리 법원의 확정판결이나 객관적인 증빙자료에 의하여 명의신탁 사실이 확인되지 아니한 점. 과점주주 간주 취득세와 명의신탁재산에 대한 증여세는 입법 취지 및 납세의무자가 서로 다른 점 등에 비추어 주식을 취득하여 과점주주에 해당하게 된 것으로 보아 간주취득세를 부과한 처분은 잘못이 없습니다. (조심 20181589, 2019.9.5. 조심 20183269, 2019.3.26.: 조심 20181073, 2018.10.16. )

 

Q. 자기주식 취득으로 지분율이 50%를 초과한 경우 납세의무는?

 

법인이 자기주식을 취득한 경우 발행주식총수에서 제외되므로 이로 인하여 주식소유비율이 상승되어 50%를 초과하여 보유하게 되었다고 하더라도 과점주주 취득세 납세의무는 없습니다. (지방세운영과 3593, 2010.8.16.)

 

<같은 뜻인 대법원 판례>

회사가 자기주식을 취득하여 그 지분비율이 증가하여 과점주주가 되는 때에는 취득세의 과세대상인 주식을 취득하여 과점주주가 된 때에 해당하지 않으므로 간주취득세의 대상이 되지 아니 합니다. (대법원 20108669, 2010.9.30.)

 

<다른 뜻인 행정해석>

상법3692항에서는 회사가 가진 자기주식은 의결권이 없다고 규정하고 있으므로, 의결권이 없는 자기주식 취득에 해당하는 40%는 발행주식총수 및 소유주식수에서 각각 제외하여야 하므로 갑의 지분이 75%(45/60)가 되어 과점주주에 해당한다고 판단됩니다. (지방세운영과 2787, 2015.9.2.)

 

Q. 과점주주가 된 후 주식양도계약이 합의해제된 경우 납세의무는?

 

A. 있습니다.

일단 적법하게 주식을 취득하여 과점주주가 된 이상 그 이후에 주식양도계약이 합의해제되거나 해제조건의 성취 또는 해제권의 행사 등에 의하여 소급적으로 실효되었다 하더라도 이로써 이미 성립한 조세채권의 행사에 아무런 영향을 줄 수는 없는 것입니다. (서울세제 1491. 2014.1.29.)

 

 

Q. 양도계약의 합의해제에 따라 원상회복시 원 소유자의 납세의무는?

 

A. 없습니다.

주식양도계약을 소급적으로 실효시키는 합의해제의 약정에 따라 명의로 개시된 주식을 원 소유자인 갑명의로 원상회복하는 경우에는 갑에게 과점주주의 취득세 납세의무가 새로이 발생하지 않습니다. (세정과 114, 2008.3.20.: 세정-5560. 2007.12.24.)

 

1. 최초로 과점주주가 된 경우

법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 '주식 등'이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다. (지방세 법시행령111)

 

Q. 유상증자로 최초로 과점주주가 된 경우 납세의무는?

 

A. 있습니다

최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과합니다. (세정 3601. 2007.9.4.)

 

2. 과점주주가 추가로 주식 등을 취득하는 경우

이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식 등을 취득하여 해당 법인의 주식 등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 등의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 부과합니다. 다만, 증가된 후의 주식 등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니합니다. (지방세법시행령11 2)

 

종전에는 증가된 후의 주식 등의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 해당 과점주주가 가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 않았으나, 2016년부터는 5년 여부와 관계없이 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니하는 것으로 개정되었습니다. (지방세법시행령 112. 201611일 이후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용. 대통령령 제26836호 부칙 2)

 

Q. 유상증자로 지분율이 증가한 경우 납세의무는?

 

A. 있습니다.

유상증자에 의해 과점주주의 비율이 증가된 경우 증가된 비율에 대한 과점주주 주식취득에 대한 취득세 납세의무가 있습니다. (세정 244. 2008.1.18.)

 

Q. 자기주식 소각 후 추가로 주식을 취득하는 경우 증가비율 계산은?

 

법인의 자기주식 소각으로 인하여 과점주주의 지분율 증가 (75%99%) 후 주식을 추가 취득(1%)하는 경우, 주식 취득 후의 비율 100%에서 주식 취득 전의 비율 99%를 차감한 1%를 적용하는 것이 타당하다고 판단됩니다. (부동산세제과-2138,2022.7.7)

 

3. 일반주주가 된 자가 다시 과점주주가 된 경우

 

과점주주였으나 주식 등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당하지 아니하게 되었다가 해당 법인의 주식 등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 취득세를 부과합니다. (지방세법시행령113)

 

Q. 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율의 의미는?

 

해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율'을 해석함에 있어 '해당 과점주주'란 주식등의 비율이 증가된 시점의 지방세 관계법령에 따른 과점주주로 해석되며, '이전에 가지고 있던 주식등 최고비율'은 주식등의 비율이 증가되기 이전의 당해 지방세 관계법령에 따른 과점주주로서 그 과점주주가 소유하고 있던 주식등의 최고비율로 해석하는 것이 타당합니다. (서울세제 13217, 2018.10.5.)

 

과점주주가 새롭게 주식 취득시 간주취득세 과세표준비율은 '증가된 후의 주식 등의 비율에서 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율보다 증가된 비율'만큼 취득세 납세의무가 성립한다 할 것인바, 여기서 '이전에 가지고 있던 주식 등의 최고비율'이라 함은 지방세법75항의 문언상 '법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때'의 최고비율을 말하는 것입니다. (서울세제 18438, 2016.12.29.)

 

4. 같은날 과점주주 지위가 먼저 성립되고 이후 부동산 취득이 이루어진 경우 간주 취득세 납세의무 여부

 

관련 법령에서 '과세물건을 취득하는 때', '과점주주가 된 때'라고 규정하고 있고, ''라는 단어는 단순한 일자를 넘어 특정 시각까지 포함하는 의미로 사용되는 것이 일반적이고, 과점주주가 된 시기와 취득시기 간 선후관계에 따라 취득세 부담 범위가 달라지는데 단순한 일자 비교만으로 선후관계를 판정해야 할 합리적인 이유가 없고, 이를 인정할 법적 근거도 없다 할 것이므로, '시각'이 아닌 ''을 기준으로 과점주주가 된 시기나 취득시기를 정한 것으로 해석할 수 없다. (서울고 등법원 201037874, 2011.9.7. 참조)할 것입니다.

 

따라서 같은 날 과점주주 지위가 먼저 성립되고 이후 주식발행법인의 부동산 취득이 이루어진 경우라면 해당 부동산에 대한 간주 취득세 납세의무는 없다고 사료됩니다. (부동산세제과- 2064, 2021.7.29.)

 

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